После победы над силами RDA, Джейк Салли остаётся на Пандоре, полностью приняв жизнь среди на’ви. Он вместе с Нейтири создал семью. У них несколько детей — двое родных сыновей, дочь и приёмные дети, включая Кири, рождённую в теле аватара, оставшегося после доктора Грейс Августин. Джейк стал лидером Оматикаи, но годы спокойствия заканчиваются, когда с орбиты снова начинают прибывать тяжёлые корабли с Земли.
Корпорация RDA возвращается — с новым командованием, технологиями и целями. Их миссия изменилась: теперь речь не о добыче ресурса, а о создании постоянной колонии. Пандора должна стать новой планетой для человечества. Военные операции развёртываются быстро, по отработанным схемам: зачистка, инфраструктура, контроль. В центр этих действий снова попадает Джейк. Его считают опасным элементом, способным организовать сопротивление, и он становится целью.
Понимая, что семья в опасности, Джейк принимает решение покинуть земли клана Оматикаи. Он добровольно отказывается от лидерства и уводит семью далеко от родных джунглей — на восток, к океанам, где живёт клан Меткайина. Этот народ отличается от лесных на’ви: у них другие телесные адаптации, уклад, боевые традиции и отношения с природой. Меткайина живут в симбиозе с морскими существами, в частности с тулкунами — разумными китоподобными существами, которых считают духовными братьями.
Прибыв к берегам рифов, семья Салли сталкивается с недоверием. Их принимают, но сдержанно. Дети испытывают давление со стороны местных сверстников. Джейк теряет контроль над ситуацией, к которой не готов: в воде его военный опыт не даёт преимущества, а роль отца и защитника осложняется чужим укладом.
Тем временем спецотряды RDA, включающие аватары с сознанием погибших военных, в том числе полковника Куорича, получают приказ найти и устранить Джейка. Охота начинается. И хотя Салли ушли с линии фронта, он понимает, что скрыться на Пандоре невозможно. Они не бегут — они лишь отступили, чтобы выжить. Но война, однажды начатая, продолжает идти за ними.
